Olá Manuel!
Talvez seja melhor usar o MC145027/28 para decodificar o sinal em vez de usar um pic. Estes são facilmente encontrados no comércio.
Cláudio

Muito obrigado Claudio é isso mesmo que preciso muito obrigado pelas dicas.

E gostaria de ressaltar minha gratidão e admiração pelo seu trabalho. Muito obrigado.

Olá Tiago!
Acredito que esteja usando motores cc com escovas. O fim de curso tem que ser regulado para acionar um pouco antes do ponto desejado, pois tem um tempo que continua girando, exceto se previu o freio dinâmico, com parada instantânea. Medir o tempo pode ser uma solução paliativa, pois com diferença de peso entre as peças, a lubrificação dos elementos do braço deficiente que endureça o movimento pode afetar também.
Não sei se estou errado mas não seria melhor usar motor de passo onde você poderia controlar a distancia programando quantos passos para ir de um lugar para o Outro!
Mesmo com peças de peso diferente ou enrijecimento do braço ele sempre manterá constante a distancia percorrida.
Mas não sou expert nesta área. Tente blogs de robótica com pic.
Caso queira continuar com a ideia de contar tempo, poderá usar o timer 0 com prescaller divindo por 256 , sem usar interrupção para não atrapalhar a rotina de recepção. No programa principal, você testa o flag de estouro do timer e se houve estouro, apaga o flag e incrementa um contador. Cada overflow do timer será de 65535 useg. Se o tempo for maior que 2 seg, use mais um contador em cascata para guardar o tempo. Use o fim de curso para entrar nesta rotina e o segundo para gravar o resultado. (Suponho mais ou menos que seja isto que você quer).
Cláudio

Boa tarde Claudio obrigado por responder, estou fazendo um carregador e uma esteira, como funciona: o carregador pega uma peça e deposita na esteira, a peça ficara sempre em um local onde estará um fim de curso e levara esta peça para a esteira, quando ele soltar a peça a esteira começa a funcionar, qual o meu problema as vezes meu braço passa do fim de curso e solta a peça fora da esteira, então pensei que se consegui se medir o tempo de um fim de curso ao outro conseguiria desligar o motor sempre no lugar exato. Porque teria que ficar recebendo o tx: caso houvesse algum problema ou o carregador não pegasse a peça conseguira para lo e fazer voltar ao inicio.

Mudei o software para o pic 16f628a para ter mais pinos.

Muito obrigado pela atenção.